1、造價高。由于螺桿壓縮機的轉子齒面是一空間曲面，需利用特制的刀具在價格昂貴的專用設備上進行加工。另外，對螺桿壓縮機氣缸的加工精度也有較高的要求。
2、不能用于高壓場合。由于受到轉子剛度和軸承壽命等方面的限制，螺桿壓縮機只能用于中、低壓范圍，排氣壓力一般不超過3MPa。
3、不能用于微型場合。螺桿壓縮機依靠間隙密封氣體，一般只有容積流量大于0.2m3/min時，螺桿壓縮機才具有優越的性能。